biosvd

DOI:10.18129 / B9.bioc.biosvd

用于高通量数据处理、异常值检测、噪声去除和动态建模的软件包

Bioconductor版本:Release (3.6)

biosvd包包含将输入数据集从特征x分析空间降为约简对角特征特征x特征分析空间的函数，特征特征和特征分析分别具有特征和分析的唯一标准正交叠加。应用于数据的SVD结果随后可以基于生成的图形进行检查，例如特征特征x分析矩阵的热图和所有特征特征的特征表达分数的条形图。这些图有助于决定哪些特征特征和特征分析要过滤掉(即，代表稳态、噪声或实验伪影的特征特征;或者当应用于数据中的方差时，代表稳定尺度方差的特征特征)。在可能去除稳态表达式、稳定尺度方差、噪声和实验伪象后，对归一化数据重新应用SVD后，生成特征系统的摘要html报告，其中包含分析和特征的极坐标图，一个根据极坐标图中的坐标、半径和相位进行排序的特征列表表，以及根据两个选定的特征特征和特征分析排序的数据的可视化，并提供彩色特征/分析注释信息。这提供了表达/强度水平动态的全局图像，其中个体特征和测定被分类为具有相似调节和功能或相似细胞状态和生物表型的组。

作者:Anneleen Daemen ， Matthew Brauer

维护人员:Anneleen Daemen < gene.com>的daemena, Matthew Brauer < gene.com>的matthejb

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bioosvd”)

文档

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browseVignettes(“biosvd”)

PDF	R脚本	biosvd
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件，TimeCourse，可视化
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	BiocGenerics，Biobase，方法，网格，图形，NMF
链接
建议
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增强了
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包档案

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源包	biosvd_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	biosvd_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	biosvd_2.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biosvd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biosvd/
软件包下载报告	下载数据