biomaRt

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomaRt

与BioMart数据库(例如ensemble bl, COSMIC, Wormbase和Gramene)的接口

Bioconductor版本:Release (3.6)

近年来，在公共数据库中可以获得大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地获取这些宝贵的数据资源，并与数据分析紧密结合。biomaRt为实现biomaRt软件套件的数据库提供了一个接口(http://www.biomart.org)。该包支持以统一的方式检索大量数据，而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库的例子有ensemble bl、COSMIC、Uniprot、HGNC、Gramene、Wormbase和dbSNP映射到Ensembl。这些主要数据库使生物art用户可以直接访问各种数据集，并实现从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:Steffen Durinck [aut]， Wolfgang Huber [aut]， Sean Davis [ctb]， Francois Pepin [ctb]， Vince S Buffalo [ctb]， Mike Smith [ctb, cre]

维护者:Mike Smith

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“biomaRt”)

文档

超文本标记语言	R脚本	生物art用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，软件
版本	2.34.2
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 13年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	跑龙套,XML，RCurl，AnnotationDbi，进步，stringr，httr
链接
建议	注释，BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	chromPlot，彗星，customProDB，dagLogo，domainsignatures，DrugVsDisease，genefu，GenomeGraphs，MineICA，PPInfer，PSICQUIC，Roleswitch，寿司，VegaMC
进口我	ArrayExpressHTS，BadRegionFinder，分歧点，ChIPpeakAnno，CHRONOS，cobindR，customProDB，DEXSeq，diffloop，DOQTL，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，GenomicFeatures，GenVisR，gespeR，GOexpress，goSTAG，Gviz，HTSanalyzeR，IdMappingRetrieval，等压线，KEGGprofile，MEDIPS，MetaboSignal，metaseqR，methyAnalysis，MGFR，OncoScore，oposSOM，Pbase，pcaExplorer，PGA，phenoTest，pRoloc，psygenet2r，pwOmics，R453Plus1Toolbox，ramwas，美国广播公司，收回，rgsepd，RNAither，RnaSeqSampleSize，嘘，scPipe，seq2pathway，SeqGSEA，分裂，TCGAbiolinks，transcriptogramer，trena，纱
建议我	AnnotationForge，bioassayR，BiocCaseStudies，ccTutorial，cellTree，chromstaR，ClusterJudge，GeneAnswers，Genominator，h5vc，leeBamViews，林肯，massiR，MineICA，海市蜃楼，MutationalPatterns，益生元，益生元，oneChannelGUI，OrganismDbi，paxtoolsr，钢琴，Pigengene，后代，R3CPET，Rcade，RforProteomics，RIPSeeker，RnaSeqTutorial，RnBeads，rTANDEM，rTRM，ShortRead，SIM卡，sincell，systemPipeR，trackViewer，wiggleplotr，zinbwave
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biomaRt_2.34.2.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.34.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	biomaRt_2.34.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomaRt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomaRt/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档