beadarray

DOI:10.18129 / B9.bioc.beadarray

Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包能够读取由BeadScan输出的串珠级数据(原始tiff和文本文件)以及来自BeadStudio的串珠摘要数据。提供了质量评价和低层次分析的方法。

作者:马克·邓宁,迈克·史密斯,乔纳森·凯恩斯,安迪·林奇,马特·里奇

维护者:Mark Dunning

引文(从R内,输入引用(“beadarray”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“beadarray”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“beadarray”)

PDF R脚本 beadarray.pdf
PDF R脚本 beadlevel.pdf
PDF R脚本 beadsummary.pdf
PDF R脚本 ImageProcessing.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 微阵列OneChannel预处理质量控制软件
版本 2.28.0
在Bioconductor公司 BioC 1.8 (R-2.3)(12年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 2.13.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(>= 2.17.8),方法,ggplot2
进口 BeadDataPackRlimmaAnnotationDbistats4,reshape2GenomicRangesIRangesilluminaio
链接
建议 光民vsnaffyhwriterbeadarrayExampleDatailluminaHumanv3.dbgridExtraBiocStyleTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneggbio喷嘴。R1knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 beadarrayExampleData
进口我 arrayQualityMetricsBeadArrayUseCasesblimaepigenomix
建议我 beadarraySNPblimaTestingData光民
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 beadarray_2.28.0.tar.gz
Windows二进制 beadarray_2.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) beadarray_2.28.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

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