basecallqc
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doi：10.18129/b9.bioc.basecallqc
使用Illumina BaseCalling和Exultiplexing输入和输出文件
生物导体版本：版本（3.6）
BaseCALLQC软件包提供了使用Illumina Bcl2Fastq（版本> = 2.1.7）软件的工具。使用BCL2FASTQ软件进行基本和反复插图，BaseCallQC函数允许用户更新版本的Illumina样品<= 1.8.9 to> = = => = = => = = = => = = 1.8.92.1.7标准，干净的常见问题样本表，例如无效的示例名称和ID，创建读取和索引Basemasks以及BCL2FASTQ命令。在生成了基本和反复编写数据之后，BaseCallQC软件包允许用户生成HTML表，图和来自Illumina XML输出文件的摘要指标的自我包含的报告。
作者：托马斯·卡罗尔（Thomas Carroll）和玛丽安·多尔（Marian Dore）
维护者：thomas carroll
引用（从r内，输入引用（“ basecallqc”））：
安装
要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ basecallqc”）
文档
| html | R脚本 | 小插图标题 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DataImport，，，，基础设施，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（1年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | r（> = 3.4），统计，utils，方法，rmarkDown，，，，尼特，，，，Prettydoc，，，，Yaml |
| 进口 | GGPLOT2，，，，Stringr，，，，XML，，，，栅格，，，，dplyr，，，，Data.Table，，，，花花公子，，，，马格里特，，，，DT，，，，懒惰，，，，Shortread |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，生物使用 |
| 系统要求 | BCL2FASTQ（版本> = 2.1.7） |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | basecallqc_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | BASECALLQC_1.2.0.ZIP |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | BASECALLQC_1.2.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basecallqc |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/basecallqc/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
