bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

从bam文件提取读计数信号

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包可以有效地获得计算向量从索引bam文件。重要的读取给定基因组范围和它计算读取配置文件,覆盖配置文件。它还处理paired-end数据。

作者:亚历山德罗Mammana (aut (cre),约翰内斯·赫尔穆特(aut)

维护人员:亚历山德罗Mammana < Mammana在molgen.mpg.de >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“bamsignals”)

文档

HTML	R脚本	介绍bamsignals包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,测序,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(3年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.10.6),IRanges,GenomicRanges,zlibbioc
链接	Rcpp,Rhtslib,zlibbioc
建议	testthat(> = 0.9),Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	AneuFinder,chromstaR,normr
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bamsignals_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	bamsignals_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	bamsignals_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
包下载报告	下载数据