amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

CRISPR实验自动化分析。

Bioconductor版本:Release (3.6)

' amplican '执行扩增子读取的对齐，规范化收集的数据，计算多个统计数据(例如切割率，帧移)，并以汇总报告的形式呈现结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解，从而快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun [aut]， Eivind Valen [cph, cre]

维护者:Eivind Valen < Eivind。Valen在gmail.com>

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文档

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细节

biocViews	对齐，CRISPR，软件，技术，qPCR
版本	1.0.0
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.4.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4)
进口	Utils (>= 3.4.1)，S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggbio(> = 1.24.1),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0)， stats (>= 3.4.1)，matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接
建议	testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/valenlab/amplican
BugReports	https://github.com/valenlab/amplican/issues
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进口我
建议我
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包档案

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源包	amplican_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	amplican_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	amplican_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/
软件包下载报告	下载数据