VegaMC

DOI:10.18129 / B9.bioc.VegaMC

VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症

Bioconductor版本:版本(3.6)

这个包可以检测司机染色体不平衡包括杂合性丢失(LOH)阵列比较基因组杂交(aCGH)数据。VegaMC执行联合细分的数据集,并使用统计框架区分司机和乘客突变。VegaMC已经实现,这样就可以将立即与输出由PennCNV集成工具。此外,VegaMC产生的输出之间的两个网页,允许快速导航区域检测和基因改变。在web页面总结了改变基因,链接到各自的运用基因报告web页面。

作者:美国摩根氏菌属和m .切

维护人员:桑德罗摩根氏菌属< morganellaalx gmail.com >

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PDF R脚本 VegaMC
PDF 参考手册

细节

biocViews CopyNumberVariation,软件,aCGH
版本 3.16.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(6年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase
进口 方法,genoset
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包档案

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源包 VegaMC_3.16.0.tar.gz
Windows二进制 VegaMC_3.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) VegaMC_3.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VegaMC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
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