VanillaICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.VanillaICE

高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型

Bioconductor版本:Release (3.6)

用于表征高通量SNP阵列中染色体改变的隐马尔科夫模型。

作者:Robert Scharpf , Kevin Scharpf, and Ingo Ruczinski < Ingo at jhsph.edu>

维护者:Robert Scharpf

引文(从R内,输入引用(“VanillaICE”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“VanillaICE”)

文档

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browseVignettes(“VanillaICE”)

PDF R脚本 crlmmDownstream
PDF R脚本 VanillaICE装饰图案
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文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation软件
版本 1.40.0
在Bioconductor BioC 2.1 (R-2.6)(10.5年)
许可证 LGPL-2
取决于 R (>= 3.0.0),BiocGenerics(> = 0.13.6),GenomicRanges(> = 1.27.6),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正
进口 BiobaseS4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.14.0),oligoClasses(> = 1.31.1),foreachmatrixStatsdata.table、网格晶格、方法、GenomeInfoDb(> = 1.11.4),crlmm,工具,统计,utils,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
链接
建议 RUnitSNPchiphuman610quadv1bCrlmmArrayTV
SystemRequirements
增强了 doMCdoMPIdoSNOWdoParalleldoRedis
URL
全靠我 MinimumDistance
进口我
建议我 oligoClasses
构建报告

包档案

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源包 VanillaICE_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 VanillaICE_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) VanillaICE_1.40.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VanillaICE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VanillaICE/
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