ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

方案架构RNASeq通路分析数据

Bioconductor版本:版本(3.6)

实现七个方法架构RNASeq和微阵列数据通路分析:SPIA, DEGraph, TopologyGSA, TAPPA, PRS, PWEA和单一路径的可视化工具。

作者:伊凡娜Ihnatova,伊娃Budinska

维护人员:伊凡娜Ihnatova < Ihnatova在iba.muni.cz >

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PDF	R脚本	R方案架构microaray和RNA-Seq数据的路径分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,微阵列,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	石墨(> = 1.16),gRbase,图,locfit,Rgraphviz
进口	R.utils、方法、Biobase平行,刨边机,DESeq2,SummarizedExperiment,RBGL,DESeq,字段,limma,TeachingDemos,KEGGgraph,qpgraph,限幅器,AnnotationDbi,doParallel
链接	Rcpp
建议	RUnit,BiocGenerics,gageData,DEGraph,plotrix,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ToPASeq_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
包下载报告	下载数据