ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

方案架构RNASeq通路分析数据

Bioconductor版本:版本(3.6)

实现七个方法架构RNASeq和微阵列数据通路分析:SPIA, DEGraph, TopologyGSA, TAPPA, PRS, PWEA和单一路径的可视化工具。

作者:伊凡娜Ihnatova,伊娃Budinska

维护人员:伊凡娜Ihnatova < Ihnatova在iba.muni.cz >

从内部引用(R,回车引用(“ToPASeq”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ToPASeq”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ToPASeq”)

PDF R脚本 R方案架构microaray和RNA-Seq数据的路径分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,微阵列,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,软件,可视化
版本 1.11.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年)
许可证 AGPL-3
取决于 石墨(> = 1.16),gRbase,,locfit,Rgraphviz
进口 R.utils、方法、Biobase平行,刨边机,DESeq2,SummarizedExperiment,RBGL,DESeq,字段,limma,TeachingDemos,KEGGgraph,qpgraph,限幅器,AnnotationDbi,doParallel
链接 Rcpp
建议 RUnit,BiocGenerics,gageData,DEGraph,plotrix,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ToPASeq_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网