tcgabiolinks

doi：10.18129/b9.bioc.tcgabiolinks

TCGABIOLINKS：与GDC数据进行集成分析的R/bioconductor软件包

生物导体版本：版本（3.6）

TCGABIOLINKS的目的是：i）促进GDC开放访问数据检索，ii）使用适当的预处理策略准备数据，ii）提供了进行不同的标准分析和iv的方法，以轻松复制早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法（例如，差异表达分析，鉴定差异甲基化区域）和可视化方法（例如生存图，火山图，Starburst图），以便轻松地开发完整的分析管道。

作者：Antonio Colaprico，Tiago Chedraoui Silva，Catharina Olsen，Luciano Garofano，Davide Garolini，Claudia Cava，Thais Sabedot，Tathiane Malta，Stefano M. Pagnotta，Isabella Castiglioni，Micherele Ceccarelli，Micherele ceccarellica nyhrusa nyhrushrushruspi，

维护者：ulb.ac.be>的Antonio Colaprico

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// urls（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ tcgabiolinks”）

文档

html	R脚本	1.简介
html	R脚本	10. tcgabiolinks_extension
html	R脚本	2.搜索GDC数据库
html	R脚本	3.下载和准备文件以进行分析
html	R脚本	4.临床数据
html	R脚本	5.突变数据
html	R脚本	6. TCGA分子亚型的汇编
html	R脚本	7.分析和可视化TCGA数据
html	R脚本	8.案例研究
html	R脚本	9.图形用户界面（GUI）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，甲基化array，，，，网络，，，，途径，，，，测序，，，，软件，，，，生存
版本	2.6.12
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（2。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.2）
进口	下载器（> = 0.4），幸存者，grdevices，dplyr，，，，栅格，图形，蒂布尔， 网格，基因组机，，，，XML（> = 3.98.0），Data.Table，，，，EDASEQ（> = 2.0.0），EDGER（> = 3.0.0），jsonlite（> = 1.0.0），plyr，，，，尼特， 方法，Biomart，，，，GGPLOT2，，，，ggthemes，，，，生存，，，，Stringr（> = 1.0.0），iranges，，，，秤，，，，rvest（> = 0.3.0），统计，utils，selectr，，，，S4VECTORS，，，，复杂的图像（> = 1.10.2），r.utils，，，，总结性特征（> = 1.4.0），GeneFilter，，，，共识ClusterPlus，，，，readr，，，，rcolorbrewer，，，，多帕尔，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，并行，工具，SVA，，，，林玛，，，，XML2，，，，httr（> = 1.2.1），MATLAB，，，，循环，，，，Ggrepel（> = 0.6.3）
链接
建议	PNG，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，DevTools，，，，maftools，，，，帕马森，，，，C3net，，，，模丝，，，，dnet，，，，生物酶，，，，副词，，，，测试，，，，PathView，，，，clusterProfiler，，，，Igraph，，，，Suprahex
系统要求
增强
URL	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks
BugReports	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks/issues
取决于我
进口我	埃尔默，，，，MOONLIGHTR，，，，蜘蛛网，，，，tcgabiolinksgui
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tcgabiolinks_2.6.12.tar.gz
Windows二进制	tcgabiolinks_2.6.12.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	tcgabiolinks_2.6.12.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tcgabiolinks
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tcgabiolinks/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档