SpidermiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpidermiR

SpidermiR:用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:Release (3.6)

SpidermiR的目标是:i)促进GeneMania数据的网络开放访问数据检索，ii)使用适当的基因命名法准备数据，iii) miRNA数据在特定网络中的集成，iv)提供不同的标准分析，v)允许用户可视化结果。更详细地说，该软件包提供了多种方法用于查询，准备和下载网络数据(GeneMania)，以及与验证和预测的miRNA数据(mirWalk, miR2Disease,miRTar, miRTarBase, miRandola,Pharmaco-miR,DIANA, Miranda, PicTar和TargetScan)的集成，以及使用标准分析(igraph)和可视化方法(networkD3)。

作者:Claudia Cava, Antonio Colaprico, Alex Graudenzi, Gloria Bertoli, Tiago C. Silva, Catharina Olsen, Houtan Noushmehr, Gianluca Bontempi, Giancarlo maui, Isabella Castiglioni

维护者:Claudia Cava < Claudia。卡瓦在ibfm.cnr.it>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SpidermiR”)

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PDF	R脚本	SpidermiR例子
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，网络，软件，microrna的
版本	1.8.2
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.0.0)
进口	networkD3，httr，igraph， utils，统计，miRNAtap，miRNAtap.db，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db，ggplot2，gridExtra，gplotsgrDevices,晶格，latticeExtra，visNetwork，TCGAbiolinks，gdata
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，devtools，roxygen2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/claudiacava/SpidermiR
BugReports	https://github.com/claudiacava/SpidermiR/issues
全靠我
进口我	StarBioTrek
建议我
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包档案

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源包	SpidermiR_1.8.2.tar.gz
Windows二进制	SpidermiR_1.8.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SpidermiR_1.8.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpidermiR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpidermiR/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档