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SomaticSignatures
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SomaticSignatures
体细胞签名
Bioconductor版本:版本(3.6)
SomaticSignatures包标识单核苷酸变异的突变特征(SNVs)。它提供了一个基础设施相关Nik-Zainal描述的方法(2012单元),与弹性矩阵分解算法。
作者:朱利安格林
维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >
从内部引用(R,回车引用(“SomaticSignatures”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“SomaticSignatures”)
文档
| HTML | R脚本 | SomaticSignatures |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 聚类,GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化 |
| 版本 | 2.14.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(4年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可 |
| 取决于 | R (> = 3.1.0),VariantAnnotation,GenomicRanges,NMF |
| 进口 | S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,ggplot2,ggbio,reshape2,NMF,pcaMethods,Biobase、方法、代理 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,knitr平行,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,SomaticCancerAlterations,ggdendro,fastICA,股东价值分析 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/juliangehring/SomaticSignatures |
| BugReports | https://support.bioconductor.org |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Rariant,YAPSA |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SomaticSignatures_2.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SomaticSignatures_2.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | SomaticSignatures_2.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SomaticSignatures |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SomaticSignatures/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
