SeqArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqArray

全基因组序列变异呼叫的大数据管理

Bioconductor版本:Release (3.6)

数千个个体的全基因组测序变异调用的大数据管理:基因型数据(如snv、indes和结构变异调用)和SeqArray文件中的注释以面向数组和压缩的方式存储,使用R编程语言进行高效的数据访问。

作者:郑秀文[aut, cre], Stephanie Gogarten [aut], David Levine [ctb], Cathy Laurie [ctb]

维护者:郑秀文

引文(从R内,输入引用(“SeqArray”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SeqArray”)

文档

超文本标记语言 R脚本 R集成
超文本标记语言 R脚本 SeqArray数据格式和访问
超文本标记语言 SeqArray概述
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentation遗传学基础设施测序软件
版本 1.18.2
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.3.0),gdsfmt(> = 1.10.1)
进口 方法、并行IRangesGenomicRangesGenomeInfoDbBiostringsS4Vectors
链接 gdsfmt
建议 消化蜡笔RUnitknitrRcppSNPRelateBiobaseBiocParallelBiocGenericsVariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL http://github.com/zhengxwen/SeqArray
BugReports http://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues
全靠我 SeqVarTools
进口我 《创世纪》
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SeqArray_1.18.2.tar.gz
Windows二进制 SeqArray_1.18.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SeqArray_1.18.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqArray/
软件包下载报告 下载数据
BioC 3.6的旧源包 源存档

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网