斯坦

DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

基因组状态注释包

Bioconductor版本:Release (3.6)

基于隐马尔可夫模型的基因组分割已经成为一种用于标记基因组元素(如启动子和增强子)的有效工具。STAN(基因组状态注释)使用各种不同的概率分布实现(双向)隐马尔可夫模型(hmm)，它可以对当前广泛的基因组数据进行建模(例如连续的、离散的、二进制的)。STAN de novo学习并将基因组注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可以反映不同的基因组相关蛋白复合体(例如。“转录状态”)或描述染色质特征的重复模式(称为“染色质状态”)。与其他工具不同，STAN还允许整合特定链(如RNA)和非特定链数据(如ChIP)。

作者:Benedikt Zacher, Julia Ertl, Julien Gagneur, Achim Tresch

维护者:Rafael campos - martin

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PDF	R脚本	基因组状态注释包
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，GenomeAnnotation，HiddenMarkovModel，微阵列，RNASeq，测序，软件，转录
版本	2.6.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,poilog、并行
进口	GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocGenerics，GenomeInfoDb，Gviz，Rsolnp
链接
建议	BiocStyle，gplots，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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包档案

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源包	STAN_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	STAN_2.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	STAN_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STAN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STAN/
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