SRAdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.SRAdb

来自NCBI SRA和工具的元数据编译

Bioconductor版本:Release (3.6)

Sequence Read Archive (SRA)是来自Roche 454 GS System、Illumina Genome Analyzer、Applied Biosystems SOLiD System、Helicos Heliscope等下一代测序平台的测序数据的最大公共存储库。然而，使用现有工具查找感兴趣的数据可能具有挑战性。SRAdb是一种尝试，使访问与提交、研究、样本、实验和运行相关的元数据更加可行。这是通过将所有NCBI SRA元数据解析为一个可以在本地存储和查询的SQLite数据库来实现的。包中的全文搜索使得查询元数据非常灵活和强大。Fastq和sra文件可以下载进行本地对齐。除ftp协议外，SRAdb还支持fastp协议(来自Aspera Connect的ascp)，可以更快地远程下载大数据文件。随着新数据被添加到SRA, SQLite数据库会定期更新，并且可以随时下载最新的元数据。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护者:Jack Zhu

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SRAdb”)

文档

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browseVignettes(“SRAdb”)

PDF	R脚本	使用SRAdb查询序列读归档
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，测序，软件
版本	1.40.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	RSQLite，图，RCurl
进口	GEOquery
链接
建议	Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/
BugReports	https://github.com/seandavi/SRAdb/issues/new
全靠我
进口我	奥纳西斯
建议我	parathyroidSE
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SRAdb_1.40.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SRAdb_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SRAdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SRAdb/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档