SNPhood

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPhood

SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域

Bioconductor版本:Release (3.6)

迄今为止,数千个单核苷酸多态性(SNPs)已被发现与复杂的性状和疾病相关。然而,这些与疾病相关的snp绝大多数位于基因组的非编码部分,并且可能影响调控元件,如增强子和启动子,而不是蛋白质的功能。因此,为了了解遗传性状和疾病背后的分子机制,研究SNP对附近分子性状(如染色质环境或转录因子(TF)结合)的影响变得越来越重要。为了实现这一目标,我们开发了SNPhood,一个用户友好的*Bioconductor* R包,用于调查和可视化一组感兴趣的SNPs的局部邻域,用于NGS数据,如来自ChIP-Seq或RNA- Seq实验的染色质标记或转录因子结合位点。SNPhood包含一组易于使用的函数,用于提取、规范化和汇总基因组区域的读取,执行各种数据质量检查,使用额外的输入文件规范化读取计数,以及根据绑定模式对区域进行聚类和可视化。每个SNP周围的区域可以以用户定义的方式进行分类,以便分析非常广泛的模式以及详细调查特定的绑定形状。此外,SNPhood支持与基因型信息的集成,以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后,SNPhood可以用于确定、研究和可视化感兴趣的SNPs周围的等位基因特异性结合模式。

作者:Christian Arnold [aut, cre], Pooja Bhat [aut], Judith Zaugg [aut]

维护者:Christian Arnold < Christian。Arnold在embl.de>

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细节

biocViews 软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证 LGPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.1),GenomicRangesRsamtoolsdata.table使彻底失败
进口 DESeq2集群ggplot2晶格GenomeInfoDbBiocParallelVariantAnnotationBiocGenericsIRanges、方法、SummarizedExperimentRColorBrewerBiostringsgrDevices,gridExtra,统计,网格,utils,reshape2尺度S4Vectors
链接
建议 BiocStyleknitrpryrrmarkdownSNPhoodDatacorrplot
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URL //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood
BugReports christian.arnold@embl.de
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源包 SNPhood_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 SNPhood_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SNPhood_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPhood
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood/
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