Bioconductor版本:版本(3.6)
SGSeq是从RNA-seq软件包分析剪接事件数据。RNA-seq读取输入数据映射到参考基因组BAM格式。基因被表示为一个拼接图,可以从现有的注释或映射序列的预测。剪接事件图的识别并量化本地使用结构兼容读取每个拼接变体的开始或结束。软件包括拼接事件预测功能、量化、可视化和解释。
作者:莱纳德·戈尔茨坦
维修工:伦纳德·戈尔茨坦< goldstel gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“SGSeq”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“SGSeq”)
HTML | R脚本 | SGSeq |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | AlternativeSplicing,RNASeq,软件,转录 |
版本 | 1.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | IRanges,GenomicRanges(> = 1.23.21),Rsamtools,SummarizedExperiment、方法 |
进口 | AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,RUnit,S4Vectors(> = 0.9.39)grDevices、图形igraph平行,rtracklayer(> = 1.37.2),统计数据 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | EventPointer |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SGSeq_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | SGSeq_1.12.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | SGSeq_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SGSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SGSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |