rsamtools

doi：10.18129/b9.bioc.rsamtools

二进制对齐（BAM），FASTA，变体调用（BCF）和Tabix文件导入

生物导体版本：版本（3.6）

此软件包为操纵SAM（序列对齐 /地图），FastA，二进制变体呼叫（BCF）和压缩索引TAB-DEBELIMIMETID的“ Samtools”，“ BCFTools”和“ Tabix”实用程序（请参阅“许可”）的接口提供了一个接口（请参阅“许可”）（tabix）文件。

作者：马丁·摩根（Martin Morgan），赫尔夫（Herv）

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

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##尝试http：//如果不支持https：// urls（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ rsamtools”）

文档

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Browsevignettes（“ RSAMTOOLS”）

PDF	R脚本	RSAMTOOLS介绍
PDF	R脚本	使用samtools c库
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照
视频		在rsamtools中堆积

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.30.0
在生物导体中	Bioc 2.6（R-2.11）（8年）
执照	Artistic-2.0 |文件许可证
要看	方法，GenomeInfodB（> = 1.1.3），基因组机（> = 1.21.6），生物弦（> = 2.37.1）
进口	utils，生物基因（> = 0.1.3），S4VECTORS（> = 0.13.8），iranges（> = 2.3.7），xvector（> = 0.15.1），Zlibbioc，，，，比特，，，，生物比较
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦
建议	基因组签名，，，，Shortread（> = 1.19.10），GenomicFeatures，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，kegg.db，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，pasillabamsubset，，，，运行，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/rsamtools.html
取决于我	arrayexpresshts，，，，Baalchip，，，，bitseq，，，，嵌合体，，，，法典，，，，contibait，，，，CoverageView，，，，esatac，，，，外观复制，，，，外表，，，，Genogam，，，，基因组签名，，，，Genomicfiles，，，，girafe，，，，GMAPR，，，，吉他，，，，Helloranges，，，，兴趣，，，，Leebamviews，，，，Medips，，，，甲基管，，，，mmdiff2，，，，Onechannelgui，，，，podkat，，，，QRQC，，，，R3CSEQ，，，，rcade，，，，Reqon，，，，rfpred，，，，Ripseeker，，，，RNASEQMAP，，，，sgseq，，，，Shortread，，，，Sictools，，，，Snphood，，，，SSVIZ，，，，Systempiper，，，，tarseqqc，，，，TBX20BAMSUBSET，，，，teqc，，，，变体，，，，Wavcluster
进口我	等位基因平衡，，，，高山，，，，Aneufinder，，，，Annmap，，，，AnnotationHubdata，，，，arrayexpresshts，，，，阿斯普利，，，，atacseqqc，，，，不良区域，，，，BBCANALYZER，，，，Biovizbase，，，，BSGENOME，，，，卡格，，，，卡斯珀，，，，蜂窝监测器，，，，cexor，，，，Chimeraviz，，，，芯片，，，，chipexoqual，，，，Chippeakanno，，，，chipqc，，，，Chromstar，，，，Chromvar，，，，CN. -ops，，，，cnvpanelizer，，，，CNVRD2，，，，Compepitools，，，，copywriter，，，，crisprvariants，，，，CSAW，，，，CustomProdb，，，，德芬德，，，，dexseq，，，，差异，，，，Diffhic，，，，doqtl，，，，EasyRnaseq，，，，EDASEQ，，，，Ensembldb，，，，Epgenomix，，，，Eudysbiome，，，，Fourcseq，，，，Funchip，，，，funcisnp，，，，GCAPC，，，，Genegeneinter，，，，基因组化，，，，基因组签名，，，，基因组间，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，ggtools，，，，GoogleGenomics，，，，哥特，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，H5VC，，，，htseqgenie，，，，IMAS，，，，检查，，，，核粒子，，，，ldblock，，，，肺部，，，，Madseq，，，，maftools，，，，metagene，，，，甲基库，，，，马赛克，，，，MotifMatchr，，，，MSGBSR，，，，核，，，，panelcn.mops，，，，PGA，，，，图片，，，，属属，，，，QDNASEQ，，，，QSEA，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，拉姆瓦斯，，，，稀有，，，，repitools，，，，肋骨蛋白，，，，riboseqr，，，，rnaprobr，，，，RQC，，，，rtracklayer，，，，片段，，，，seqplots，，，，soggi，，，，剪接图，，，，TCSEQ，，，，Titancna，，，，TrackTables，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，transview，，，，tsrchitect，，，，TVTB，，，，变体滤波器，，，，变体工具
建议我	AnnotationHub，，，，bamsignals，，，，BASESPACER，，，，生物比较，，，，Biomvrcns，，，，芝加哥，，，，量规，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicDataCommons，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，gqtlstats，，，，iranges，，，，metaseqr，，，，甲状旁腺，，，，补偿，，，，rnaseqtutorial，，，，seqbias，，，，sigfuge，，，，相似，，，，流媒体
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rsamtools_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	rsamtools_1.30.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	rsamtools_1.30.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsamtools
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools/
软件包下载报告	下载统计