Roleswitch

DOI:10.18129 / B9.bioc.Roleswitch

利用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用

Bioconductor版本:Release (3.6)

使用来自单个样本的配对表达数据推断MiRNA-mRNA相互作用签名(ProMISe)的概率。Roleswitch通过推断mRNA (miRNA)成为miRNA (mRNA)的目标(“目标”)的概率,考虑到所有mRNA (miRNA)的表达,由于它们对同一miRNA (mRNA)的潜在竞争。由于细胞中的动态miRNA抑制,Roleswitch假设总转录mRNA水平高于观察到的(平衡)mRNA水平,并基于上述推断迭代更新每个mRNA靶点的总转录。注:在本文中,我们使用ProMISe作为模型名和推断分数名。

作者:李越

维护者:Yue Li

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在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(4.5年)
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