RiboProfiling

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboProfiling

核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包从一个BAM文件开始，提供了质量评估、读取起始位置重新校准、CDS上的读取计数、3'UTR和5'UTR、计数数据绘制:对、日志折叠变化、密码子频率和覆盖率评估、密码子覆盖率的主成分分析等必要功能。

作者:Alexandra Popa

维护者:A. Popa

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RiboProfiling”)

文档

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PDF	R脚本	使用“RiboProfiling”软件包分析Ribo-Seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，PrincipalComponent，质量控制，RiboSeq，测序，软件
版本	1.7.2
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.2)，Biostrings
进口	BiocGenerics，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，reshape2，GenomicFeatures、网格plyr，S4Vectors，GenomicAlignments，ggplot2，ggbio，Rsamtools，rtracklayer，data.table，sqldf
链接
建议	knitr，BiocStyle，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，testthat，SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RiboProfiling_1.7.2.tar.gz
Windows二进制	RiboProfiling_1.7.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RiboProfiling_1.7.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboProfiling
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RiboProfiling/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档