Bioconductor版本:Release (3.6)
该包从一个BAM文件开始,提供了质量评估、读取起始位置重新校准、CDS上的读取计数、3'UTR和5'UTR、计数数据绘制:对、日志折叠变化、密码子频率和覆盖率评估、密码子覆盖率的主成分分析等必要功能。
作者:Alexandra Popa
维护者:A. Popa
引文(从R内,输入引用(“RiboProfiling”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RiboProfiling”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RiboProfiling”)
R脚本 | 使用“RiboProfiling”软件包分析Ribo-Seq数据 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,报道,PrincipalComponent,质量控制,RiboSeq,测序,软件 |
版本 | 1.7.2 |
在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.2.2),Biostrings |
进口 | BiocGenerics,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,reshape2,GenomicFeatures、网格plyr,S4Vectors,GenomicAlignments,ggplot2,ggbio,Rsamtools,rtracklayer,data.table,sqldf |
链接 | |
建议 | knitr,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,testthat,SummarizedExperiment |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RiboProfiling_1.7.2.tar.gz |
Windows二进制 | RiboProfiling_1.7.2.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | RiboProfiling_1.7.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboProfiling |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RiboProfiling/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
BioC 3.6的旧源包 | 源存档 |