Rariant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rariant

通过非共识基调用频率的变化鉴定和评估单核苷酸变异

Bioconductor版本:Release (3.6)

“Rariant”包根据匹配样本之间二项分布不匹配率的差异从测序数据中识别单核苷酸变体。

作者:朱利安·格林，西蒙·安德斯，贝恩德·克劳斯

维护者:Julian Gehring

安装

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文档

超文本标记语言	R脚本	Rariant
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文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod，VariantDetection，可视化
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	方法,S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，ggbio，ggplot2，exomeCopy，SomaticSignatures，Rsamtools，闪亮的，VGAM，dplyr，reshape2
链接
建议	h5vcData，testthat，knitr，optparse，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/Rariant
BugReports	https://support.bioconductor.org
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包档案

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源包	Rariant_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	Rariant_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rariant_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rariant
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rariant/
软件包下载报告	下载数据