Bioconductor版本:版本(3.6)
管理数据从大型项目如癌症基因组图谱(TCGA)进一步分析是一个重要的研究项目和耗时的步骤。TCGA等努力,消防带项目,通过web服务和数据预处理数据公开门户网站,但它需要管理,为以下步骤下载并准备数据。我们开发了一个开源的和可扩展的基于R消防带预处理的数据端数据和证明其使用样本案例研究。结果表明,RTCGAToolbox可以提高数据管理TCGA研究人员感兴趣的数据。此外,它可以结合其他分析管道进行数据分析。
作者:穆罕默德凯末尔Samur
维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >
从内部引用(R,回车引用(“RTCGAToolbox”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“RTCGAToolbox”)
HTML | R脚本 | 装饰图案的标题 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,测序,软件 |
版本 | 2.8.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(2.5年) |
许可证 | 文件许可 |
取决于 | R (> = 3.4.0) |
进口 | Biobase,BiocGenerics,data.table(> = 1.9.4),GenomicRanges,GenomeInfoDb,httr,IRanges,limma(> = 3.18)、方法plyr,RaggedExperiment,RCircos,RCurl,RJSONIO,S4Vectors,SummarizedExperiment,生存,XML |
链接 | |
建议 | BiocStyle,Homo.sapiens,knitr,MultiAssayExperiment,readr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://mksamur.github.io/RTCGAToolbox/ |
BugReports | https://github.com/mksamur/RTCGAToolbox/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | CVE |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | RTCGAToolbox_2.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | RTCGAToolbox_2.8.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | RTCGAToolbox_2.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGAToolbox |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RTCGAToolbox/ |
包下载报告 | 下载数据 |