REDseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.REDseq

酶切处理的高通量测序数据分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包包括构建限制性内切酶切位(RECS)地图、用五种不同的方法将映射的序列分布在地图上、寻找样本的富集/缺失RECSs以及识别样本之间差异富集/缺失RECSs的功能。

作者:朱丽华、Thomas Fazzio

维护者:朱莉朱丽华<朱莉。@ umassmed.edu>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("REDseq")

文档

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browseVignettes(“REDseq”)

PDF	R脚本	REDseq装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor公司	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.15.0)，BiocGenerics(> = 0.1.0),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，乘，Biostrings，BSgenome，ChIPpeakAnno
进口	BiocGenerics，AnnotationDbi，Biostrings，ChIPpeakAnno、图形、IRanges(> = 1.13.5),乘，统计，效用
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	REDseq_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	REDseq_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	REDseq_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/REDseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/REDseq/
软件包下载报告	下载数据