doi:10.18129/b9.bioc.quasr

量化和注释r中的简短读数

生物导体版本:版本(3.6)

该软件包为简短读取的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程,从原始序列读取,对比对的创建和质量控制图,再到目标基因组区域的量化。

作者:Anita Lerch,Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:迈克尔·斯塔德勒(Michael Stadler)<迈克尔·斯塔德勒

引用(从r内,输入引用(“ Quasr”)):

安装

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文档

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PDF R脚本 Quasr简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,遗传学,,,,甲基,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(5年)
执照 GPL-2
要看 平行,基因组机(> = 1.13.3),rbowtie
进口 方法,grdevices,图形,utils,Zlibbioc,,,,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges,,,,Biocinstaller,,,,生物酶,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,rsamtools(> = 1.19.38),GenomicFeatures(> = 1.17.13),Shortread(> = 1.19.1),基因组签名,,,,生物比较,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,Genomicfiles
链接 rsamtools
建议 GVIZ,,,,运行,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

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源包 quasr_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 quasr_1.18.0.zip(仅64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) Quasr_1.18.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quasr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/quasr/
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