生物导体版本:版本(3.6)
该软件包为简短读取的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程,从原始序列读取,对比对的创建和质量控制图,再到目标基因组区域的量化。
作者:Anita Lerch,Dimos Gaiditzis和Michael Stadler
维护者:迈克尔·斯塔德勒(Michael Stadler)<迈克尔·斯塔德勒
引用(从r内,输入引用(“ Quasr”)
):
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R脚本 | Quasr简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 结盟,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,遗传学,,,,甲基,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.18.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(5年) |
执照 | GPL-2 |
要看 | 平行,基因组机(> = 1.13.3),rbowtie |
进口 | 方法,grdevices,图形,utils,Zlibbioc,,,,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges,,,,Biocinstaller,,,,生物酶,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,rsamtools(> = 1.19.38),GenomicFeatures(> = 1.17.13),Shortread(> = 1.19.1),基因组签名,,,,生物比较,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,Genomicfiles |
链接 | rsamtools |
建议 | GVIZ,,,,运行,,,,生物使用 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | quasr_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | quasr_1.18.0.zip(仅64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | Quasr_1.18.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quasr |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/quasr/ |
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