PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

拷贝号调用和SNV分类使用目标短读测序

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体(SNVs)进行分类。PureCN是专为靶向短读测序数据而设计的，与标准的体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者:Markus Riester [aut, cre]， Angad P. Singh [aut]

维护者:Markus Riester < Markus。里斯特在novarti.com >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“PureCN”)

文档

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PDF	R脚本	PureCN概述
PDF	R脚本	快速启动和命令行使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，报道，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.8.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，DNAcopy，VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer，S4Vectors，data.table， grDevices，图形，统计，utils，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，Rsamtools，Biostrings，BiocGenerics，rtracklayer，ggplot2，futile.logger，VGAM，刨边机、工具、limma
链接
建议	PSCBS，RUnit，BiocStyle，knitr，optparse，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lima1/PureCN
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PureCN_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	PureCN_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	PureCN_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档