PWMEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.PWMEnrich

PWM富集分析

Bioconductor版本:版本(3.6)

高级功能的工具箱建立在Biostrings DNA扫描和浓缩主题分析。已知的主要功能是PWM富集分析PWM(如MotifDb等数据库),但包还实现了PWM扫描和可视化的高级功能。包不执行“新创”主题的发现,而是专注于使用实验派生或计算上的图案由其他工具。

作者:罗伯特•Stojnic迭戈Diez

维护人员:罗伯特Stojnic <罗伯特。在gmail.com stojnic >

从内部引用(R,回车引用(“PWMEnrich”)):

安装

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“PWMEnrich”)

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PDF R脚本 “PWMEnrich”包的概述
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews MotifAnnotation,SequenceMatching,软件
版本 4.14.0
Bioconductor自 BioC 2.11 (r - 2.15)(5.5年)
许可证 LGPL (> = 2)
取决于 方法、网格BiocGenerics,Biostrings
进口 seqLogo,gdata,evd
链接
建议 MotifDb,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,PWMEnrich.Dmelanogaster.background,testthat,gtools平行,PWMEnrich.Hsapiens.background,PWMEnrich.Mmusculus.background,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 PWMEnrich.Dmelanogaster.background,PWMEnrich.Hsapiens.background,PWMEnrich.Mmusculus.background
进口我
建议我 rTRM
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 PWMEnrich_4.14.0.tar.gz
Windows二进制 PWMEnrich_4.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) PWMEnrich_4.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PWMEnrich
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PWMEnrich/
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