Bioconductor版本:版本(3.6)
这个包提供了构建定制的功能蛋白质数据库基于RNA-Seq数据有/没有基因组引导,数据库搜索、后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库包括参考数据库(如Refseq或运用)和小说肽序列形式RNA-Seq数据。
作者:Shaohang徐,Bo温家宝
维修工:薄熙来温家宝< wenbostar gmail.com >, Shaohang徐< xsh。斯凯在gmail.com >
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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (PGA)
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R脚本 | PGA教程 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,ReportWriting,测序,软件 |
版本 | 1.8.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(2.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.0.1),IRanges,GenomicRanges,Biostrings(> = 2.26.3之前),data.table,rTANDEM |
进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringr,RCurl,Nozzle.R1,VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayer,RSQLite,ggplot2,AnnotationDbi,customProDB(> = 1.7.0),pheatmap |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,R.utils |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | PGA_1.8.1.tar.gz |
Windows二进制 | PGA_1.8.1.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | PGA_1.8.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PGA |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PGA/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.6源码包 | 源存档 |