MutationalPatterns

DOI:10.18129 / B9.bioc.MutationalPatterns

综合全基因组突变的分析过程

Bioconductor版本:版本(3.6)

一个广泛的描述和可视化工具集多种突变碱基替换目录中的模式。

作者:弗朗西斯•Blokzijl Roel詹森,鲁本·范·波斯特埃德温Cuppen

维护人员:弗朗西斯Blokzijl < F。Blokzijl umcutrecht。问>,Roel詹森< R.R.E.在umcutrecht.nl Janssen-10 >

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PDF	R脚本	介绍MutationalPatterns
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学,软件,SomaticMutation
版本	3
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.4.0),GenomicRanges(> = 1.24.0),NMF(> = 0.20.6)
进口	统计数据,并行,S4Vectors,BiocGenerics(> = 0.18.0),VariantAnnotation(> = 1.18.1),reshape2(> = 1.4.1),plyr(> = 1.8.3),ggplot2(> =魅惑,pracma(> = 1.8.8),SummarizedExperiment(> = 1.2.2),IRanges(> = 2.6.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings(> = 2.40.0),ggdendro-20年(> = 0.1),cowplot(> = 0.9.2)
链接
建议	BSgenome(> = 1.40.0),BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5(> = 0.99.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),BiocStyle(> = 2.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)biomaRt(> = 2.28.0),gridExtra(> = 2.2.1),rtracklayer(> = 1.32.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1101/071761
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源包	MutationalPatterns_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_1.4.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MutationalPatterns_1.4.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MutationalPatterns/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档