MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

基函数和类质谱和蛋白质组学

Bioconductor版本:版本(3.6)

MSnbase提供基础设施来处理,处理和可视化质谱和蛋白质组学数据,从原始到定量和注释的数据。

作者:Laurent与约翰Rainer和塞巴斯蒂安·吉布的贡献Guangchuang Yu Samuel Wieczorek Vasile-Cosmin Lazar,弗拉季斯拉夫•Petyuk——托马斯•Naake里奇棉花和玛蒂娜·费舍尔。

维修工:Laurent与< lg390在cam.ac.uk >

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# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“MSnbase”)

文档

HTML	R脚本	一个简短的介绍“MSnbase”发展
HTML	R脚本	基函数和类MS-based蛋白质组学
HTML	R脚本	MSnbase IO功能
HTML	R脚本	MSnbase2基准测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	2.4.2
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.1),方法,BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.11.11),BiocParallel,ProtGenerics(> = 1.9.1)
进口	plyr,IRanges,preprocessCore,vsn、网格、stats4affy,嫁祸于,pcaMethods,MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化,晶格,ggplot2,S4Vectors,XML,Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat,pryr,gridExtra,微基准测试,动物园,knitr(> = 1.1.0),的方式,Rdisop,pRoloc,pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.12.2),roxygen2,rgl,rpx,AnnotationHub,BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown,imputeLCMD,规范,gplots,闪亮的
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
取决于我	msmsEDA,msmsTests,ProCoNA,pRoloc,pRolocdata,pRolocGUI,proteoQC,RforProteomics,synapter,xcms
进口我	DAPAR,DAPARdata,部,MSnID,MSstats,MSstatsQC,Pbase,ProteomicsAnnotationHubData,RMassBank,topdownr
建议我	AnnotationHub,biobroom,BiocGenerics,等压线,qcmetrics,readat,rpx
构建报告

包档案

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源包	MSnbase_2.4.2.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.4.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MSnbase_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnbase/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档