mmdiff2

doi:10.18129/b9.bioc.mmdiff2

CHIP-SEQ数据集的统计测试

生物导体版本:版本(3.6)

该软件包检测到不同芯片seq样品中读取富集曲线之间的统计学上显着差异。为了利用形状差异,它使用内核方法(最大平均差异,MMD)。

作者:Gabriele Schweikert [Cre,Aut],David Kuo [aut]

维护者:Gabriele Schweikert

引用(从r内,输入引用(“ mmdiff2”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ mmdiff2”)

文档

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browsevignettes(“ mmdiff2”)

PDF R脚本 MMDIFF2方法的简介
PDF 参考手册

细节

生物浏览 chipseq,,,,差异词,,,,测序,,,,软件
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(2年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.3),rsamtools,,,,生物酶
进口 基因组机,,,,Locfit,,,,BSGENOME,,,,生物弦,,,,闪亮的,,,,GGPLOT2,,,,rcolorbrewer,图形,grdevices,并行,S4VECTORS, 方法
链接
建议 mmdiffbamsubset,,,,主题,,,,尼特,,,,生物使用,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 mmdiffbamsubset
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 mmdiff2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 mmdiff2_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) mmdiff2_1.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mmdiff2
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/mmdiff2/
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