Madseq

doi:10.18129/b9.bioc.madseq

使用大量平行测序数据的镶嵌性非整倍性检测和定量

生物导体版本:版本(3.6)

MADSEQ软件包提供了一组层次的Bayeisan模型,用于检测镶嵌性非整倍性,非整倍性类型的推断以及样品中非整倍体细胞分数的定量。

作者:Yu Kong,Adam Auton,John Murray Greally

维护者:yu kong

引用(从r内,输入引用(“ madseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// URL不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ madseq”)

文档

html R脚本 R包Madseq
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文本 消息

细节

生物浏览 贝叶斯,,,,库务,,,,覆盖范围,,,,基因组变量,,,,测序,,,,软件,,,,somaticmmut,,,,变体挖出
版本 1.4.1
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(1。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.4),rjags(> = 4-6)
进口 VGAM,,,,结尾,,,,BSGENOME,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,S4VECTORS, 方法,预处理,,,,基因组签名,,,,rsamtools,,,,生物弦,,,,基因组机,,,,iranges,,,,变体,,,,总结性特征,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,图形,统计,grdevices,utils,Zlibbioc
链接
建议 尼特
系统要求
增强
URL https://github.com/ykong2/madseq
BugReports https://github.com/ykong2/madseq/issues
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 madseq_1.4.1.tar.gz
Windows二进制 madseq_1.4.1..zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) madseq_1.4.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/madseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/madseq/
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