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IsoformSwitchAnalyzeR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoformSwitchAnalyzeR
R包来识别、Annoatate和Visialize同种型开关功能的后果(从RNA-seq数据)
Bioconductor版本:版本(3.6)
IsoformSwitchAnalyzeR enabels识别和分析同种型开关与预测功能的后果(如收益/损失的蛋白质域等)从量化Kallisto,鲑鱼,袖扣/ Cuffdiff RSEM等等。
作者:克里斯汀Vitting-Seerup
维护人员:克里斯汀Vitting-Seerup < k.vitting。在gmail.com seerup >
从内部引用(R,回车引用(“IsoformSwitchAnalyzeR”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“IsoformSwitchAnalyzeR”)
文档
| HTML | R脚本 | IsoformSwitchAnalyzeR |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | AlternativeSplicing,注释,BiomedicalInformatics,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GenePrediction,MultipleComparison,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod,SystemsBiology,转录,TranscriptomeVariant,转录组,可视化 |
| 版本 | 1.0.0 |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.4),腰带,连接工具 |
| 进口 | 方法,BSgenome,plyr,reshape2,gridExtra,Biostrings,IRanges,GenomicRanges,DRIMSeq,RColorBrewer,rtracklayer,ggplot2,维恩图,DBIgrDevices图形,统计,跑龙套,GenomeInfoDb、网格tximport,刨边机 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/ |
| BugReports | https://github.com/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | IsoformSwitchAnalyzeR_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | IsoformSwitchAnalyzeR_1.0.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | IsoformSwitchAnalyzeR_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoformSwitchAnalyzeR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
