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InterMineR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR
R与InterMine-Powered数据库接口
Bioconductor版本:版本(3.6)
数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。
作者:宾王,朱莉·沙利文雷切尔•莱恩康斯坦Kyritsis
维护人员:InterMine团队< j。沙利文在gen.cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“InterMineR”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“InterMineR”)
文档
| HTML | R脚本 | 富集分析和可视化 |
| HTML | R脚本 | FlyMine基因组可视化 |
| HTML | R脚本 | InterMineR装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | AlternativeSplicing,ComparativeGenomics,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GenomeAnnotation,GenomeWideAssociation,KEGG,微阵列,MultipleComparison,通路,蛋白质组学,Reactome,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,可视化 |
| 版本 | 1.0.0 |
| 许可证 | LGPL |
| 取决于 | R (> = 3.4.1) |
| 进口 | Biostrings,RCurl,XML,xml2,RJSONIO,sqldf,igraph,httr,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,Gviz,knitr,rmarkdown,GeneAnswers,GO.db,org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/intermine/intermineR/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | InterMineR_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | InterMineR_1.0.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | InterMineR_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
