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DOI:10.18129 / B9.bioc.IntEREst

内含子-外显子保留估计器

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包对RNA-seq数据进行内含子-外显子保留分析(。bam文件)。

作者:Ali Oghabian ，达里奥·格列柯<达里奥。格列柯在赫尔辛基。fi>， Mikko Frilander

维护者:Ali Oghabian ， Mikko Frilander

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“兴趣”)

文档

超文本标记语言	R脚本	兴趣，内含子外显子保留估计器
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，AlternativeSplicing，报道，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，归一化，RNASeq，测序，软件
版本	1.2.2
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4)，GenomicRanges，Rsamtools，SummarizedExperiment，刨边机，S4Vectors
进口	seqLogo，Biostrings，GenomicFeatures，IRanges，seqinr，图形，grDevices，统计，utils，网格，方法，DBI，RMySQL，GenomicAlignments，BiocParallel，BiocGenerics，DEXSeq，DESeq2
链接
建议	clinfun，knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IntEREst_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	IntEREst_1.2.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	IntEREst_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntEREst
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IntEREst/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档