生物导体版本:版本(3.6)
Impulsede2是纵向计数数据集的差分表达算法,在测序实验中产生,例如RNA-SEQ,CHIP-SEQ,ATAC-SEQ和DNASEI-SEQ。Impulsede2基于DESEQ2分散趋势平滑的负二项式噪声模型,并使用脉冲模型来限制每个基因的平均表达轨迹。从经验上发现,脉冲模型符合环境和发育刺激后细胞中的全球表达变化,因此在大多数细胞生物学方面都是合适的。对平均表达轨迹的约束阻止过度适应小表达波动。其次,Impulsede2比总体线性模型的差异表达算法具有更高的统计测试能力,如果由于固定数量的参数数量,将超过六个时间点被采样,该算法将适合时间作为类别变量。
作者:David S Fischer [AUT,CRE],Fabian J Theis [CTB],Nir Yosef [CTB]
维护者:David S Fischer
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html | R脚本 | Impulsede2 Vignette |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 蜂窝基,,,,细胞生物学,,,,差异性,,,,基因表达,,,,测序,,,,软件,,,,统计信息,,,,时间科 |
版本 | 1.2.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.5(R-3.4)(1年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | |
进口 | 生物酶,,,,生物比较,,,,复杂的图像,,,,循环,编译器,牛仔图,,,,deseq2,,,,GGPLOT2,grdevices,尼特,,,,矩阵, 方法,S4VECTORS,统计总结性特征,UTILS |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/yoseflab/impulsede2/issues |
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源包 | Impulsede2_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | Impulsede2_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | Impulsede2_1.2.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/impulsede2 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/impulsede2/ |
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