HiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCcompare

HiCcompare:联合规范化和多个高c数据集的比较分析

Bioconductor版本:版本(3.6)

HiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。HiCcompare的形式作用于高c数据处理chromosome-specific染色质交互矩阵。它接受三列的制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵稀疏矩阵的格式可从几个来源。HiCcompare旨在给用户的能力来执行比较分析的三维结构基因组的细胞在不同的生理状态。“HiCcompare”不同于其他包,试图比较,它适用于处理高c数据数据在染色质交互矩阵代替预处理的测序数据格式。此外,“HiCcompare”提供了一种非参数方法联合规范化和删除两个高c数据集之间的偏差比较分析的目的。“HiCcompare”还提供了一个简单而强大的排列方法检测高c数据集之间的差异。

作者:约翰•史坦斯费尔德(aut (cre),米哈伊尔•Dozmorov (aut)

维护人员:约翰•史坦斯费尔德在vcu.edu < stansfieldjc >

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文档

HTML	R脚本	HiCcompare使用装饰图案
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝,归一化,测序,软件
版本	1.0.0
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.4.0),dplyr
进口	data.table,ggplot2,gridExtra,mgcv统计数据,InteractionSet,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocParallel,QDNAseq,KernSmooth、方法、跑龙套、图形pheatmap,gtools
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat
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源包	HiCcompare_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	HiCcompare_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HiCcompare_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCcompare/
包下载报告	下载数据