HMMcopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMMcopy

拷贝数预测与GC和高温超导mappability偏差校正数据

Bioconductor版本:版本(3.6)

纠正GC和readcounts mappability偏见(即覆盖)在非重叠窗口固定长度的单全基因组样本,产生一个粗略的估计的拷贝数进行进一步分析。设计快速校正的高覆盖率全基因组肿瘤和正常样本。

作者:丹尼尔·赖加文·哈,索拉博沙

维护人员:丹尼尔赖在bccrc <达赖。ca >,索拉博沙< sshah在bccrc.ca >

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PDF	R脚本	HMMcopy
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,微阵列,预处理,测序,软件,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0),IRanges(> = 1.4.16),geneplotter(> = 1.24.0)
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链接
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增强了
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取决于我
进口我	qsea
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包档案

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源包	HMMcopy_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	HMMcopy_1.20.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HMMcopy_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMMcopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMMcopy/
包下载报告	下载数据