GVIZ

doi：10.18129/b9.bioc.gviz

沿基因组坐标绘制数据和注释信息

生物导体版本：版本（3.6）

基因组数据分析需要对已知基因组信息和新实验数据的整合可视化。GVIZ使用BiomArt和rtracklayer软件包来执行实时注释查询以ement和UCSC，并将其转换为例如。网格图形包的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者：Florian Hahne，Steffen Durinck，Robert Ivanek，Arne Mueller，Steve Lianoglou，Ge Tan ，Lance Parsons

维护者：Robert Ivanek

安装

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文档

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Browsevignettes（“ Gviz”）

PDF	R脚本	GVIZ用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	微阵列，，，，软件，，，，可视化
版本	1.22.3
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（6年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.10.0），方法，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 1.99.18），基因组机（> = 1.17.20），网格
进口	xvector（> = 0.5.7），rtracklayer（> = 1.25.13），格子，，，，rcolorbrewer，，，，Biomart（> = 2.11.0），AnnotationDbi（> = 1.27.5），生物酶（> = 2.15.3），GenomicFeatures（> = 1.17.22），BSGENOME（> = 1.33.1），生物弦（> = 2.33.11），Biovizbase（> = 1.13.8），rsamtools（> = 1.17.28），LatticeExtra（> = 0.6-26），矩阵（> = 0.8.14），基因组签名（> = 1.1.16），GenomeInfodB（> = 1.1.3），生物基因（> = 0.11.3），消化（> = 0.6.8）
链接
建议	Xtable，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我	Biomvrcns，，，，Chimeraviz，，，，彗星，，，，腹带，，，，dmrforpairs，，，，PBase，，，，PVIZ
进口我	等位基因平衡，，，，阿斯普利，，，，dmrcate，，，，埃尔默，，，，基因组间，，，，ggtools，，，，Gwascat，，，，inpas，，，，一顿饭，，，，甲基分析，，，，甲基管，，，，Motifbreakr，，，，pi，，，，ping，，，，碎片，，，，斯坦，，，，TrackViewer，，，，TVTB，，，，变体滤波器
建议我	Annmap，，，，蜂窝监测器，，，，CNER，，，，深布鲁尔，，，，Ensembldb，，，，基因组机，，，，InteractiveSplay，，，，Interminer，，，，PQSFINDER，，，，准，，，，rnbeads，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，剪接图
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gviz_1.22.3.3.tar.gz
Windows二进制	gviz_1.22.3.3.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	gviz_1.22.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gviz
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gviz/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档