GenomicRanges

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicRanges

沿着基因组定义的基因组间隔和变量的表示和操作

Bioconductor版本:Release (3.6)

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，高效表示和操作基因组注释和对齐的能力发挥着核心作用。genomic icranges包定义了通用容器，用于存储和操作基因组间隔和基因组沿线定义的变量。更专门的容器分别定义在genomic icalignments和summarizeexperiment包中，用于表示和操作针对参考基因组的短对齐，或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在基因组基因库基础设施之上。

作者:P.阿卜扬，H. Pagès, M.劳伦斯

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

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PDF	R脚本	1.基因组系列软件包简介
PDF	R脚本	2.GenomicRanges howto
PDF	R脚本	3.GRanges和GRangesList对象的快速介绍(幻灯片)
PDF	R脚本	4.你不知道的十件事(幻灯片来自2016年BioC)
PDF	R脚本	5.延长GenomicRanges
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.30.3
在Bioconductor公司	BioC 2.6 (R-2.11)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，stats4，BiocGenerics(> = 0.21.2),S4Vectors(> = 0.9.47),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.13.1)
进口	跑龙套,统计数据,XVector
链接	S4Vectors，IRanges
建议	Biobase，AnnotationDbi(> = 1.21.1),注释，Biostrings(> = 2.25.3),Rsamtools(> = 1.13.53),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),矩阵，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq2，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，BiocStyle，消化，RUnit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，KEGG.db，hgu95av2.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Sc.sgd.db，pasilla，pasillaBamSubset，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，hgu95av2probe
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AllelicImbalance，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，BaalChIP，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，bnbc，BPRMeth，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，卡斯珀，ChAMPdata，cheung2010，嵌合体，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，chroGPS，chromPlot，chromstaR，chromswitch，CINdex，cleanUpdTSeq，cn.mops，CNPBayes，cnvGSA，CNVPanelizer，compEpiTools，consensusSeekeR，CSAR，csaw，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCHMM，DMRcaller，DMRcatedata，DMRforPairs，DNAshapeR，DOQTL，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，esATAC，exomeCopy，fastseg，fCCAC，FourCSeq，FunChIP，GeneBreak，geneRxCluster，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicScores，GenomicTuples，genoset，geuvStore2，gmapR，GMRP，哥特，GreyListChIP，groHMM，gtrellis，GUIDEseq，吉他，Gviz，HelloRanges，hiAnnotator，HilbertCurve，HiTC，htSeqTools，IdeoViz，InPAS，intansv，InteractionSet，感兴趣，IWTomics，karyoploteR，工商管理硕士，metagene，methimpute，methyAnalysis，methylKit，methylPipe，minfi，msgbsR，MutationalPatterns，NADfinder，OmicCircos，PGA，平，podkat，QuasR，r3Cseq，RaggedExperiment，Rariant，Rcade，收回，地区，rfPred，rGREAT，riboSeqR，RIPSeeker，RJMCMCNucleosomes，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，Scale4C，segmentSeq，seqbias，seqCAT，SGSeq，SICtools，SigFuge，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomaticSignatures，SummarizedExperiment，TarSeqQC，三硝基甲苯，trackViewer，TransView，tra利用，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantTools，vtpnet，火神，wavClusteR，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，YAPSA
进口我	ALDEx2，高山，amplican，AnnotationFilter，annotatr，apeglm，ArrayExpressHTS，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，舞会礼服，bamsignals，BBCAnalyzer，beadarray，击败，biovizBase，BiSeq，分歧点，BSgenome，篮球选手，CexoR，cgdv17，冠军，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，chromDraw，ChromHeatMap，chromVAR，cn，彗星，contiBAIT，conumee，copynumber，文案，COSMIC.67，CoverageView，crisprseekplus，CrispRVariants，customProDB，DChIPRep，debrowser，位深蓝，反编排，derfinder，derfinderPlot，diffloop，DMRcate，DMRScan，DRIMSeq，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，ELMER.data，epivizr，epivizrData，erma，EventPointer，fitCons.UCSC.hg19，啪嗒啪嗒地响，FourCSeq，FunciSNP，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicInteractions，genotypeeval，GenVisR，GGBase，ggbio，GGtools，GoogleGenomics，gQTLBase，gQTLstats，gwascat，h5vc，的热图，HiCcompare，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，理想的，ima，检查，InterMineR，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iva，JunctionSeq，karyoploteR，leeBamViews，萝拉，光民，M3D，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，餐，MEDIPS，methInheritSim，methyAnalysis，methylInheritance，MethylSeekR，methylumi，MinimumDistance，米拉，MMDiff2，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，NarrowPeaks，normr，诊断，oligoClasses，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，panelcn.mops，Pbase，pcaExplorer，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，π，图片，pqsfinder，prebs，proBAMr，PureCN，Pviz，pwOmics，QDNAseq，qpgraph，qsea，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，美国广播公司，rCGH，重新计票，地区，regionReport，REMP，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，rnaSeqMap，咆哮，RTCGAToolbox，scoreInvHap，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqplots，SeqSQC，SeqVarTools，ShortRead，签名者，simulatorZ，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，连接工具，SplicingGraphs，分裂，斯坦，SVM2CRM，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCseq，TFARM，TFBSTools，TFHAZ，TitanCNA，tracktables，transcriptR，TReNA，trena，三层，TSRchitect，TVTB，VariantFiltering，VariantToolsData，waveTiling，wiggleplotr，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，yriMulti
建议我	alternativeSplicingEvents.hg19，AnnotationHub，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，芝加哥，腰带，epivizrChart，GenomeInfoDb，GeuvadisTranscriptExpr，GSReg，GWASTools，HDF5Array，interactiveDisplay，IRanges，metaseqR，海市蜃楼，NarrowPeaks，NGScopy，奥纳西斯，RTCGA，S4Vectors，SeqGSEA，Single.mTEC.Transcriptomes
构建报告

包档案

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源包	GenomicRanges_1.30.3.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.30.3.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomicRanges_1.30.3.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicRanges/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档