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GenomicInteractions
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions
R包处理基因交互数据
Bioconductor版本:版本(3.6)
R包处理基因交互数据,比如ChIA-PET /高c基因组功能注释和交互信息和生产各种情节/统计数据。
作者:Harmston N。Ing-Simmons E。佩里,M。,Baresic, A., Lenhard, B.
维护者:利兹Ing-Simmons马尔科姆•佩里< mgperry32 gmail.com > <利兹。在csc.mrc.ac.uk ing-simmons12 >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicInteractions”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GenomicInteractions”)
文档
| HTML | R脚本 | chiapet_vignette.html |
| HTML | R脚本 | GenomicInteractions-HiC |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,DataRepresentation,嗝,基础设施,软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.3),InteractionSet |
| 进口 | Rsamtools,rtracklayer,GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges,BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table,stringr,GenomeInfoDb,ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph,S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr,Gviz,Biobase、图形数据,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,BiocStyle,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 芝加哥,埃尔默 |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GenomicInteractions_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GenomicInteractions_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | GenomicInteractions_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
