GenoGAM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenoGAM

基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包允许使用基于r包“mgcv”实现的广义加性模型对全基因组数据进行平滑函数的统计分析。它为ChIP-Seq数据的统计分析提供了方法，包括蛋白质占用的推断，以及按点和按区域的差异分析。离散度和平滑参数的估计是通过交叉验证进行的。广义加性模型拟合到整个染色体的缩放是通过在重叠的基因组间隔上并行化实现的。

作者:Georg Stricker [aut, cre]， Alexander Engelhardt [aut]， Julien Gagneur [aut]

维护人员:Georg Stricker < Georg。Stricker在in.tum.de>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GenoGAM”)

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PDF	R脚本	GenoGAM:全基因组广义加性模型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，遗传学，回归，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3)，Rsamtools(> = 1.18.2),SummarizedExperiment(> = 1.1.19),GenomicRanges(>= 1.29.14)，方法
进口	BiocParallel(> = 1.5.17),data.table(> = 1.9.4),DESeq2(> = 1.11.23),futile.logger(> = 1.4.1),GenomeInfoDb(> = 1.7.6),GenomicAlignments(> = 1.7.17),IRanges(> = 2.11.16),mgcv(> = 1.8),reshape2(> = 1.4.1),S4Vectors(> = 0.9.34),Biostrings(> = 2.39.14)
链接
建议	BiocStyle，chipseq(> = 1.21.2),迷幻药(> = 3.0.0),genefilter(> = 1.54.2),ggplot2(> =魅惑,testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gstricker/GenoGAM
BugReports	https://github.com/gstricker/GenoGAM/issues
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包档案

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源包	GenoGAM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	GenoGAM_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenoGAM_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenoGAM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenoGAM/
软件包下载报告	下载数据