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GeneNetworkBuilder
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneNetworkBuilder
从ChIP-chip/ChIP-seq和Expression数据构建监管网络
Bioconductor版本:Release (3.6)
应用ChIP-chip或ChIP-seq，以及microarray或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶点。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果，GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。
作者:欧建宏，刘海波，Heidi A Tissenbaum, Julie Zhu
维护者:欧建宏<建宏。你在umassmed。edu>
引文(从R内，输入引用(“GeneNetworkBuilder”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“GeneNetworkBuilder”)
文档
| 超文本标记语言 | R脚本 | GeneNetworkBuilder装饰图案 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 与BioGRID, STRING合作 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GraphAndNetwork，微阵列，测序，软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(5.5年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 2.15.1)，Rcpp(> = 0.9.13) |
| 进口 | plyr，图，htmlwidgets，Rgraphviz，rjson，XML |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | RUnit，BiocGenerics，RBGL，knitr，simpIntLists，闪亮的，STRINGdb |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GeneNetworkBuilder_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GeneNetworkBuilder_1.20.0.zip(32位和64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | GeneNetworkBuilder_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GeneNetworkBuilder/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
