GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据

Bioconductor版本:版本(3.6)

NCBI基因表达综合(GEO)是一个公共存储库的微阵列数据。鉴于该资源丰富多变的本性,它只是自然要BioConductor工具应用到这些数据。GEOquery是地理和BioConductor之间的桥梁。

作者:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2

维护人员:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2

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文档

HTML	R脚本	使用GEOquery
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,微阵列,OneChannel,圣人,软件,TwoChannel
版本	2.46.15
Bioconductor自	BioC 1.8 (r - 2.3)(12年)
许可证	GPL-2
取决于	方法,Biobase
进口	httr,readr,xml2,dplyr,tidyr,magrittr,limma
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seandavi/GEOquery
BugReports	https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
取决于我	DrugVsDisease,dyebiasexamples,GEOmetadb,GSE62944,SCAN.UPC
进口我	AnnotationHubData,BeadArrayUseCases,bigmelon,ChIPXpress,coexnet,crossmeta,天哪,minfi,MoonlightR,重新计票,SRAdb
建议我	气道,antiProfilesData,AUCell,ctsGE,dyebias,肘,EpiDISH,GeneExpressionSignature,multiClust,MultiDataSet,parathyroidSE,pathprint,PGSEA,prostateCancerCamcap,prostateCancerGrasso,prostateCancerStockholm,prostateCancerTaylor,prostateCancerVarambally,RGSEA,Rnits,runibic,skewr,TargetScore,zFPKM
构建报告

包档案

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源包	GEOquery_2.46.15.tar.gz
Windows二进制	GEOquery_2.46.15.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GEOquery_2.46.15.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOquery/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档