FourCSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.FourCSeq

封装分析4C测序数据

Bioconductor版本:Release (3.6)

FourCSeq是一个R包，专门用于(多路复用)4C测序数据的分析。该软件包提供了一个管道来检测DNA元素之间的特定相互作用，并识别不同条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从作为输入的每个示例的单个bam文件开始。要获得这些文件，包中包含一个python脚本(extdata/python/demultiplex.py)来解复用库并修剪引物序列。使用标准对齐软件可以生成所需的bam文件。

作者:Felix A. Klein, EMBL海德堡

维护者:Felix A. Klein

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“FourCSeq”)

文档

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browseVignettes(“FourCSeq”)

PDF	R脚本	FourCSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.0)，GenomicRanges，ggplot2，DESeq2(>= 1.9.11)，样条，方法，迷幻药
进口	DESeq2，Biobase，Biostrings，GenomicRanges，SummarizedExperiment，Rsamtools，ggbio，reshape2，rtracklayer，食品及药物管理局，GenomicAlignments，gtools，矩阵
链接
建议	BiocStyle，knitr，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FourCSeq_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	FourCSeq_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	FourCSeq_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FourCSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FourCSeq/
软件包下载报告	下载数据