埃尔默
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doi：10.18129/b9.bioc.elmer
使用癌症甲基团推断调节元件景观和转录因子网络
生物导体版本：版本（3.6）
Elmer被设计为使用大量样品中的DNA甲基化和基因表达，用于原代组织中的输液调节元件景观和转录因子网络。
作者：c（pers（“ lijing”，“ yao”，角色=“ aut”，email =“ lijingya@usc.edu”），person（“ ben”，“ berman”，cole =“ aut”），person（“佩吉”，“法纳姆”，角色=“ aut”），人（“ hui”，“ shen”，角色=“ ctb”），人（“彼得”，“ laird”，cool =“ ctb”），人（“ Simon”，“ Coetzee”，角色= C（“ CRE”，“ CTB”），电子邮件=“ Simon.coetzee@cshs.org”），Person（“ Tiago”，“ Chedraoui Silva”，角色= C（“ aut”））））
维护者：tiago chedraoui silva
引用（从r内，输入引用（“ Elmer”））：
安装
要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ elmer”）
文档
| html | R脚本 | 1- ELMER：使用甲基组推断调节元件景观和转录因子网络的R/生物导体工具 |
| html | R脚本 | 2-简介：输入数据 |
| html | R脚本 | 3.1-数据输入 - 创建MAE对象 |
| html | R脚本 | 3.2-识别差异甲基化探针 |
| html | R脚本 | 3.3-识别推定的探针对 |
| html | R脚本 | 3.4-对所选探针的基序富集分析 |
| html | R脚本 | 3.5-识别监管TFS |
| html | R脚本 | 3.6 -tcga.pipe：以紧凑的方式运行tcga数据的Elmer |
| html | R脚本 | 4.1-散点图 |
| html | R脚本 | 4.2-示意图 |
| html | R脚本 | 4.3-图案富集图 |
| html | R脚本 | 4.4-监管TF图 |
| html | R脚本 | 4.5-热图图 |
| html | R脚本 | 5-具有TCGABIOLINKS和ELMER的综合分析研讨会 - GUI分析 |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | DNAMETHYLATY，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，图案，，，，网络，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 2.2.7 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（2。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.4.0），Elmer.Data |
| 进口 | 基因组机，，，，GGPLOT2，，，，重塑，网格，grdevices，图形，方法，并行，统计，utils，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，GenomicFeatures，，，，tcgabiolinks（> = 2.5.5），plyr，，，，矩阵，，，，dplyr，，，，GVIZ，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，多亚sayExexperiment，，，，总结性特征，，，，Biomart，，，，多帕尔，，，，下载器，，，，Ggrepel，，，，格子，，，，马格里特，，，，readr，，，，rvest，，，，XML2，，，，情节，，，，栅格 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，测试，，，，DT，，，，基因组间，，，，Webshot，，，，rtracklayer，，，，COVR |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | tcgabiolinksgui |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | elmer_2.2.7.tar.gz |
| Windows二进制 | elmer_2.2.7.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | elmer_2.2.7.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/elmer |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/elmer/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.6的旧源软件包 | 来源存档 |
