埃尔默

doi:10.18129/b9.bioc.elmer

使用癌症甲基团推断调节元件景观和转录因子网络

生物导体版本:版本(3.6)

Elmer被设计为使用大量样品中的DNA甲基化和基因表达,用于原代组织中的输液调节元件景观和转录因子网络。

作者:c(pers(“ lijing”,“ yao”,角色=“ aut”,email =“ lijingya@usc.edu”),person(“ ben”,“ berman”,cole =“ aut”),person(“佩吉”,“法纳姆”,角色=“ aut”),人(“ hui”,“ shen”,角色=“ ctb”),人(“彼得”,“ laird”,cool =“ ctb”),人(“ Simon”,“ Coetzee”,角色= C(“ CRE”,“ CTB”),电子邮件=“ Simon.coetzee@cshs.org”),Person(“ Tiago”,“ Chedraoui Silva”,角色= C(“ aut”))))

维护者:tiago chedraoui silva

引用(从r内,输入引用(“ Elmer”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ elmer”)

文档

html R脚本 1- ELMER:使用甲基组推断调节元件景观和转录因子网络的R/生物导体工具
html R脚本 2-简介:输入数据
html R脚本 3.1-数据输入 - 创建MAE对象
html R脚本 3.2-识别差异甲基化探针
html R脚本 3.3-识别推定的探针对
html R脚本 3.4-对所选探针的基序富集分析
html R脚本 3.5-识别监管TFS
html R脚本 3.6 -tcga.pipe:以紧凑的方式运行tcga数据的E​​lmer
html R脚本 4.1-散点图
html R脚本 4.2-示意图
html R脚本 4.3-图案富集图
html R脚本 4.4-监管TF图
html R脚本 4.5-热图图
html R脚本 5-具有TCGABIOLINKS和ELMER的综合分析研讨会 - GUI分析
PDF 参考手册

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,基因表达,,,,结肠管制,,,,图案,,,,网络,,,,软件,,,,转录
版本 2.2.7
在生物导体中 Bioc 3.2(R-3.2)(2。5年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.4.0),Elmer.Data
进口 基因组机,,,,GGPLOT2,,,,重塑,网格,grdevices,图形,方法,并行,统计,utils,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,S4VECTORS,,,,GenomicFeatures,,,,tcgabiolinks(> = 2.5.5),plyr,,,,矩阵,,,,dplyr,,,,GVIZ,,,,复杂的图像,,,,循环,,,,多亚sayExexperiment,,,,总结性特征,,,,Biomart,,,,多帕尔,,,,下载器,,,,Ggrepel,,,,格子,,,,马格里特,,,,readr,,,,rvest,,,,XML2,,,,情节,,,,栅格
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,测试,,,,DT,,,,基因组间,,,,Webshot,,,,rtracklayer,,,,COVR
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 tcgabiolinksgui
建议我
构建报告

包装档案

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源包 elmer_2.2.7.ta​​r.gz
Windows二进制 elmer_2.2.7.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) elmer_2.2.7.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/elmer
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/elmer/
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