DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

使用亲和(定量)数据从多个ChIP-seq实验中计算差异绑定位点。还支持占用(重叠)分析和绘图功能。

作者:Rory Stark< Rory。Stark在cruk.cam.ac。Gord Brown

维护者:Rory Stark< Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“DiffBind”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DiffBind”)

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browseVignettes(“DiffBind”)

PDF R脚本 DiffBind: ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析
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文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqDifferentialPeakCalling测序软件
版本 2.6.6
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.4),GenomicRangesSummarizedExperiment
进口 RColorBrewer北极监测和评估方案刨边机gplotsgrDevices,limmaGenomicAlignmentslocfit,统计,utils,IRangeszlibbioc晶格systemPipeR、工具、Rcppdplyrggplot2BiocParallel平行,S4VectorsRsamtoolsDESeq2、方法、图形、ggrepel
链接 Rsamtools(> = 1.19.38),Rcpp
建议 DESeqBiocStyletestthat
SystemRequirements
增强了 rglXLConnect
URL
全靠我 ChIPQC火神
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DiffBind_2.6.6.tar.gz
Windows二进制 DiffBind_2.6.6.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DiffBind_2.6.6.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DiffBind/
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