剂量

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

疾病本体语义与丰富分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析，用于发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:余广创[aut, cre]，王立根[ctb]， Vladislav Petyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)

文档

超文本标记语言	R脚本	00剂量介绍
超文本标记语言	R脚本	01 DOSE语义相似度分析
超文本标记语言	R脚本	02疾病富集分析
超文本标记语言	R脚本	03疾病GSEA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，软件，可视化
版本	3.4.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.1)
进口	AnnotationDbi，BiocParallel，DO.db，fgsea，ggplot2，GOSemSim(>= 2.0.0)，图形，grDevices，网格，igraph、方法、qvalue，reshape2，rvcheck，S4Vectors，尺度， stats, stats4, utils
链接
建议	BiocStyle，clusterProfiler，knitr，org.Hs.eg.db，testthat，UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/DOSE
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
全靠我	clusterProfiler，网格，ReactomePA
进口我	bioCancer，ChIPseeker，debrowser，eegc，facopy，林肯，miRsponge，MoonlightR，PathwaySplice
建议我	GOSemSim
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DOSE_3.4.0.tar.gz
Windows二进制	DOSE_3.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DOSE_3.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
软件包下载报告	下载数据