剂量

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

疾病本体语义与丰富分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析,用于发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:余广创[aut, cre],王立根[ctb], Vladislav Petyuk [ctb], Giovanni Dall'Olio [ctb]

维护人员:guangchuangyu

引文(从R内,输入引用(“剂量”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOSE”)

文档

超文本标记语言 R脚本 00剂量介绍
超文本标记语言 R脚本 01 DOSE语义相似度分析
超文本标记语言 R脚本 02疾病富集分析
超文本标记语言 R脚本 03疾病GSEA
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneSetEnrichmentMultipleComparison通路软件可视化
版本 3.4.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3.1)
进口 AnnotationDbiBiocParallelDO.dbfgseaggplot2GOSemSim(>= 2.0.0),图形,grDevices,网格,igraph、方法、qvaluereshape2rvcheckS4Vectors尺度, stats, stats4, utils
链接
建议 BiocStyleclusterProfilerknitrorg.Hs.eg.dbtestthatUpSetR
SystemRequirements
增强了
URL https://guangchuangyu.github.io/DOSE
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
全靠我 clusterProfiler网格ReactomePA
进口我 bioCancerChIPseekerdebrowsereegcfacopy林肯miRspongeMoonlightRPathwaySplice
建议我 GOSemSim
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DOSE_3.4.0.tar.gz
Windows二进制 DOSE_3.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DOSE_3.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
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