DOQTL

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOQTL

DO小鼠的基因分型和QTL定位

Bioconductor版本:Release (3.6)

DOQTL是为多样性远交小鼠和其他多亲本远交群体设计的数量性状位点(QTL)定位管道。该包从基因分型阵列读取数据,并使用隐马尔可夫模型(HMM)执行单倍型重建。然后使用HMM的单倍型概率来执行链接映射。当创始人序列可用时,DOQTL可以使用单倍型重建将创始人序列植入DO基因组并进行关联作图。

作者:Daniel Gatti, Karl Broman, Andrey Shabalin, Petr Simecek

维护者:Daniel Gatti

引文(从R内,输入引用(“DOQTL”)):

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“DOQTL”)

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PDF R脚本 利用多样性远交系小鼠进行QTL定位
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文本 新闻

细节

biocViews GeneticVariability遗传学HiddenMarkovModel单核苷酸多态性软件
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.0.0),BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10GenomicRangesVariantAnnotation
进口 注释annotationToolsbiomaRtBiobaseBiocGenericscorpcordoParallelforeachfpchwriterIRanges迭代器mclustQTLRel回归rhdf5RsamtoolsRUnitXML
链接
建议 MUGAExampleDatadoMPI
SystemRequirements
增强了
URL http://do.jax.org
全靠我
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包档案

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源包 DOQTL_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 DOQTL_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DOQTL_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOQTL
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DOQTL/
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