DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

推理RNA-Seq微分外显子的使用

Bioconductor版本:版本(3.6)

包是专注于找到微分外显子使用使用RNA-seq外显子之间的数量和样品不同的实验设计。它提供了功能,允许用户进行必要的统计测试基于模型,采用负二项分布来估计方差之间的生物复制和广义线性模型进行测试。包还提供了函数的可视化和探索的结果。

作者:西蒙·安德斯Alejandro雷耶斯<桑德斯在fs.tum.de >和< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

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PDF	R脚本	分析RNA-seq数据微分外显子与“DEXSeq”包使用
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.24.4
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(6.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel,Biobase,SummarizedExperiment,IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi,RColorBrewer,S4Vectors
进口	BiocGenerics,biomaRt,hwriter、方法、stringr,Rsamtools,statmod,geneplotter,genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	感兴趣
建议我	GenomicRanges,JctSeqData,oneChannelGUI,pasilla,经验丰富的人,subSeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEXSeq_1.24.4.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.24.4.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DEXSeq_1.24.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档