DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

基于使用负二项分布的模型，估计来自高通量测序测定的计数数据中的方差-均值依赖性，并检验差异表达。

作者:Michael Love, Simon Anders, Wolfgang Huber

维护者:Michael Love

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文档

超文本标记语言	R脚本	用DESeq2分析RNA-seq数据
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，圣人，测序，软件，转录
版本	1.18.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase，BiocParallel，genefilter、方法、locfit，geneplotter，ggplot2，Hmisc，Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，BiocStyle，vsn，pheatmap，RColorBrewer，IHW，apeglm，ashr，tximport，tximportData，readr，pbapply，气道，pasilla(> = 0.2.10)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/DESeq2
全靠我	DChIPRep，DEXSeq，FourCSeq，MLSeq，rgsepd，移行细胞癌，XBSeq
进口我	anamiR，Anaquin，anota2seq，coseq，DaMiRseq，debrowser，反编排，DEGreport，DEsubs，DiffBind，eegc，EnrichmentBrowser，FourCSeq，GenoGAM，HTSFilter，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，感兴趣，isomiRs，JunctionSeq，PathoStat，pcaExplorer，regionReport，ReportingTools，SNPhood，systemPipeR，ToPASeq
建议我	apeglm，biobroom，BiocGenerics，BioCor，compcodeR，DASC，derfinder，diffloop，计，GenomicAlignments，GenomicRanges，Glimma，IHW，JctSeqData，miRmine，oneChannelGUI，OPWeight，phyloseq，后代，重新计票，RUVSeq，食物，Single.mTEC.Transcriptomes，subSeq，tximport，variancePartition
构建报告

包档案

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源包	DESeq2_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.18.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DESeq2_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq2/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档